El nombre de este plato tiene varias teorías: la más arraigada dice que se denominó así porque su receta inicial contenía ají. Este dato lo afirmó Rufino José Cuervo en 1907, cuando señaló que “el ajiaco es un plato caracterizado por el ají, y así sucede en Cuba, Perú y Chile […] entre nosotros lo que se llama así no lleva tanto picante”. Otros creen en una leyenda indígena que cuenta que este caldo se bautizó así cuando gobernaba el Cacique Aco junto a su esposa Aj, y la combinación de sus nombres originó esta palabra. Los demás consideran que el término ajiaco es un nombre genérico, que se le otorgaba a sopas y cocidos, lo que explicaría la existencia de diversos tipos de ajiaco en varios países de Hispanoamérica. La idea de esta preparación que tuvo su auge y desarrollo en la época de la Colonia se le atribuye a los Muiscas que habitaban Cundinamarca y Boyacá, quienes se caracterizaron por realizar preparaciones con maíz. Esta comunidad nativa preparaba una sopa compuesta por papa, cebolla y maíz, que después incluyó ingredientes provenientes del Viejo Continente como el pollo, la crema de leche y las alcaparras. Los registros de historiadores revelan que, en el siglo XIX, el ajiaco solamente se preparaba en ocasiones importantes como la celebración del Corpus Christi y la fiesta de navidad. Como dato curioso, el ajiaco tampoco sería posible sin las gallinas, que fueron traídas hacia 1537 de Europa y que lograron adaptarse al clima templado del altiplano cundiboyacense. Registros de viajeros de la época de la Colonia revelaron que los primeros ajiacos se preparaban con carne de res o de oveja.